Naime¹, dana 12. srpnja 1806. petnaest njemačkih država sklopilo je s Napoleonom Ugovor o Rajnskoj konfederaciji², temeljem kojeg su se te države kao članice Konfederacije službeno odvojile od Svetog Rimskog Carstva 1. kolovoza 1806.

Kneževina Lihtenštajn je zbog svojih posebnosti u Konfederaciju uključena na temelju Napoleonova dekreta. Nekoliko dana kasnije, 6. kolovoza 1806., uslijedio je raspad Svetog Rimskog Carstva, kada se posljednji car Svetog Rimskog Carstva, Franjo II., odrekao svoje titule i oslobodio sve carske države i dužnosnike njihovih zavjeta i obveza prema Carstvu.

Ugovorom o Rajnskoj konfederaciji, države potpisnice proglasile su svoje odvajanje iz carskog teritorija, formiranje konfederacije i neprimjenu carskih zakona na svom teritoriju. Kneževi su se odrekli titula kojima se izražavao odnos prema Carstvu. Umjesto monarhijskog poglavara države, kakav je bio car Svetog Rimskog Carstva, najvišu dužnost Konfederacije obnašao je Karl Theodor von Dalberg, bivši nadkancelar, koji je dobio titulu princa-primasa Konfederacije. Kao takav, bio je predsjednik Kraljevskog kolegija i predsjedavao je Skupštinom konfederacije. Skupština, odnosno Bundestag, imala je dva kolegija – kolegij prinčeva i kolegij kraljeva. Ugovorom je određeno da njezino sjedište bude u Frankfurtu na Majni, a nadležnost joj je trebala biti slična nadležnosti parlamenta - u Skupštini se trebalo odlučivati o zajedničkim interesima članica kao i o međusobnim sukobima. Prema Ugovoru, prepuštanje suvereniteta bilo je moguće samo u korist članica Konfederacije. Formalni zaštitnik Konfederacije bio je Napoleon Bonaparte, a francuski car imao je i ovlast imenovati nasljednika princa-primasa.

U zamjenu za potporu Napoleonu, vladari nekih država dobili su više statuse. Tako su Baden, Hesse, Cleves i Berg postali velika vojvodstva, a Württemberg i Bavarska kraljevstva. Konfederacija je prije svega bila vojni savez jer su države članice morale držati značajnu vojsku za uzajamnu obranu, a imale su obvezu opskrbljivati Francusku velikim brojem vojnog osoblja. Kako su se događaji odvijali, članovi Konfederacije bili su puno više podređeni Napoleonu nego što su bili u odnosu na Habsburgovce dok su bili unutar Svetog Rimskog Carstva. Nakon što je Napoleon porazio Prusku 1806., Rajnskoj konfederaciji pridružile su se dodatne 23 njemačke države. Godine 1808., Rajnska konfederacija brojala je 36 država, od kojih su četiri bila kraljevstva, pet velikih vojvodstava, trinaest vojvodstava, sedamnaest kneževina i gradove Slobodne Hanze Hamburg, Lübecka i Bremena. Nakon što su zapadna obala Rajne i Kneževina Erfurt bili pripojeni Francuskom Carstvu, Napoleon je de facto postao gospodar cijele Njemačke osim Austrije, Pruske, danskog Holsteina, Švedske Pomeranije i Švicarske. Konfederacija Rajne propala je 1813., nakon Napoleonove neuspjele invazije na Rusko Carstvo. Mnogi njezini članovi promijenili su strane nakon bitke kod Leipziga, kada je postalo očito da će Napoleon izgubiti rat Šeste koalicije.