Presudom tog suda Radovan Karadžić je nakon osam godina postupka, 24. ožujka 2016.¹, osuđen na jedinstvenu kaznu od 40 godina zatvora za počinjene zločine: genocid, zločine protiv čovječnosti - progon, istrebljenje, ubojstva, deportacije te nehumana djela – prisilni premještaj kao i za kršenje zakona ili običaja rata – ubojstva, širenje terora, protupravne napade na civile i uzimanje talaca.

MKSJ bavio se pitanjem udruženog zločinačkog pothvata u više općina u BiH, zločinačkog pothvata za Sarajevo, za uzimanje talaca te na kraju zločinačkog pohtvata za Srebrenicu. Glede pothvata za više općina BIH, Sud je utvrdio da je od kraja ožujka 1992. i tijekom cijele 1992. postojao organizirani i sistematski obrazac zločina počinjenih nad bosanskim Muslimanima i Hrvatima koji su živjeli u općinama u kojima su srpske snage preuzele kontrolu i nad kojima su bosanski Srbi polagali pravo: muslimansko i hrvatsko stanovništvo prisilno je raseljavano iz svojih domova, uklanjani su s položaja vlasti i otpuštani s posla, uvođena su ograničenja kretanja za bosanske Muslimane, tisuće civila hrvatske i muslimanske nacionalnosti bili su protupravno zatočeni u 50 zatočeničkih objekata po svim općinama, u kojima su bili podvrgavani mučenju, premlaćivanju, silovanjima i drugim djelima seksualnog nasilja od srpskih snaga. Kada je riječ o Sarajevu, od kraja svibnja 1992. do listopada 1995. civilno stanovništvo grada Sarajeva bilo je izloženo sustavnom granatiranju i snajperskim napadima od snaga bosanskih Srba, koje su okružile grad i držale ga pod opsadom više od tri godine. Iz snajpera pucalo se i po djeci dok su se igrala ispred svojih kuća. Grad je kontinuirano granatiran, a ciljevi su bili civilni objekti, naselja, bolnice, tržnice i druga mjesta. Sve navedeno činjeno je s namjerom teroriziranja civilnog stanovništva u opsjednutom gradu. U odnosu na odgovornost za uzimanje talaca, utvrđeno je da su snage bosanskih Srba nakon zračnih napada NATO-a na vojne ciljeve Srba zatočili osoblje UNPROFOR-a i UNMO-a s ciljem ishođenja ustupka, tj. obustave napada NATO-a na vojne ciljeve Srba. Udruženi zločinački pothvat za Srebrenicu rezultirao je zločinom genocida. Naime, nakon utvrđenja o organiziranom i smišljenom ubijanju, progonu i istrebljenju muškog muslimanskog stanovništva iz toga kraja, Sud je smatrao da je Karadžić bio jedina osoba u Republici Srpskoj koja je imala moć intervenirati kako bi se taj zločin spriječio, što on ne samo da nije učinio, nego je čak naredio da se zatočeni muškarci prebace na druga mjesta da bi bili ubijeni.

Protiv presude MKSJ-a žalbu su MRM-u podnijeli i Radovan Karadžić i optužba. Žalbeno vijeće MRM-a je 20. ožujka 2019.² donijelo odluku kojom je osudilo Karadžića na doživotni zatvor. Karadžićevi žalbeni navodi skoro u cijelosti su odbijeni, odnosno tek je u manjem dijelu (u odnosu na određeno ubojstvo i zlostavljanje dvojice muškaraca) utvrđena povreda.

Iako su se obje strane žalile na odmjerenu kaznu, žalbeno vijeće prihvatilo je žalbu optužbe da je raspravno vijeće MKSJ-a zloupotrijebilo svoju slobodu određivanjem kazne od 40 godina zatvora jer ta osuda nije bila izraz sudskih utvrđenja - težine počinjenih zločina i Karadžićeve odgovornosti. Imajući na umu zaključke Suda koji se odnose na težinu Karadžićevih zločina, Žalbeno vijeće MRM-a smatralo je da četrdesetogodišnja kazna doista odgovarajuće ne oslikava posebnu težinu Karadžićevih zločina kao i njegovo središnje i instrumentalno sudjelovanje u četiri zajednička zločinačka pothvata. Stoga je u tom dijelu presuda preinačena i Karadžić je osuđen na doživotni zatvor.