Ipak, u pravnom smislu riječi, Uganda¹ je postala republika tek 1966., nakon što je tadašnji predsjednik vlade Milton Obote suspendirao Ustav iz 1963. te se proglasio i predsjednikom vlade i države. Milton Obote vladao je Ugandom do 1971., kada ga je s vlasti vojnim udarom svrgnuo njegov general, Idi Amin. General Amin, plašeći se da će ga Milton Obote uhititi zbog sumnji u korupciju, preuzeo je vlast u zemlji za vrijeme Oboteova sudjelovanja na sastanku Commonwealthovih šefova država u Singapuru. Aminova vladavina Ugandom odvela je zemlju u osam godina dugo razdoblje terora i razjedinjenosti. Krhki mir nastupio je nakon ugandsko-tanzanijskog rata, koji je vođen i s ciljem rušenja Idi Aminove vlasti. Do izbora koji su vratili Miltona Obotea na predsjedničku funkciju, Ugandom je vladalo privremeno predsjedničko povjerenstvo. Opozicija je, međutim, pokrenula gerilski rat jer je smatrala da su izbori bili namješteni.

Godine 1985. Obote je ponovno izgubio vlast. Kao i 1971., glave mu je došla vlastita vojska. Vojnim udarom na vlast je došao brigadir ugandske vojske Olara-Okello. Parlament je raspušten te je formirano Vojno vijeće, na čelu s Olara-Okellom, a kasnije generalom Titom Okellom, koje je upravljalo zemljom. Okello je odmah javno pozvao sve sudionike sukoba na nacionalnu pomirbu i izgradnju nacije. Sve veće gerilske vojne skupine, osim Pokreta nacionalnog otpora, prihvatile su poziv. U pomoć oko pregovora s tim Pokretom pozvan je tanzanijski predsjednik Nyerere. Vođa Pokreta, Museveni na te se pregovore oglušio zbog prijateljstva tanzanijskog predsjednika sa svrgnutim Oboteom. Nakon što je u pregovore uključena kenijska delegacija na čelu s njihovim predsjednikom Moiem, pregovori su započeli u kolovozu 1985. i završili su sklapanjem Sporazuma iz Nairobija, 17. prosinca 1985., između Vojne vlade Ugande formirane nakon udara i Pokreta nacionalnog otpora. Sporazum ima 18 članaka i 4. aneksa, A, B, C i D. ²

Člankom 1. Sporazuma uređeni su uvjeti prekida vatre tako da će odmah prestati sva neprijateljstva; zapovjednici različitih borbenih snaga izdat će upute o prekidu vatre,; prestat će svako regrutiranje snaga osim Nacionalne armije koju će osnovati Vojno vijeće; svi putovi u zemlji bit će otvoreni i sigurni za građanski i trgovački promet; prestat će sve vrste neprijateljske propagande; prestat će naoružavanje obiju strana; zabranjuje se vojnicima i ostalom osoblju pod zapovjedništvom ili kontrolom sukobljenih strana sudjelovanje u kaznenim djelima ili drugim aktima koji krše ljudska prava; svi koji su sudjelovali u kršenju ljudskih prava nakon 27. srpnja 1985. bit će kažnjeni i disciplinski gonjeni, s tim da to uključuje i one koji su činili slična djela i prije tog datuma. Svi politički zatvorenici, članovi Pokreta nacionalnog otpora bit će odmah pušteni na slobodu itd. Člankom 2. uređeno je pitanje Vojnog vijeća kao vrhovnog tijela vlade u Ugandi i njegov sastav; člankom 3. pitanje predsjednika i potpredsjednika vijeća; člankom 4. uređene su ovlasti Vojnog vijeća; člankom 5. procedure kojima se ovo Vijeće vodi; člankom 6. potreba i formulacija Nacionalnog kodeksa upravljanja i dr.

Sporazum iz Nairobija nije urodio plodom te je primirje vrlo brzo prekinuto. S jedne strane, istraživanje kršenja ljudskih prava zasigurno bi dotaklo mnoge čelnike nacionalne vojske koji su u vladavini Obotea bili upleteni u mučenja i ubojstva, a s druge strane, pregovori su isključili mnoge druge ugandske organizacije.Već sljedeće godine snage Pokreta osvojile su veći dio zapada i juga Ugande, a nakon osvajanja glavnog grada Kampale 1986., Museveni je došao na vlast kao predsjednik. Unatoč okončanju civilnog rata, skupine otpora protiv Pokreta nacionalnog otpora i dalje su ostale aktivne sljedećeg desetljeća. Milton Obote i Okello otišli su u egzil. Obote je umro u egzilu, a Okello se vratio u Ugandu nakon Musevenijeve amnestije.

1 Vidi Informator, br. 6752 od 10. listopada 2022. Vremeplov - Proglašenje neovisnosti Ugande – 9. listopada 1962.
2 Izvor: http://theirwords.org/media/transfer/doc/ug_nrm_nra_1985_07-4a3f4fc1ec1f7f088e9669480d8c54ff.pdf, pristupljeno 6. prosinca 2023.