Proglašenju neovisnosti prethodila je tzv. Ugandska ustavna konferencija održana između 18. rujna 1961. i 9. listopada 1961., u Londonu, predmet koje je bilo izvješće Povjerenstva za odnose s Ugandom. Navedeno Povjerenstvo, nazivano i kao Munsterovo povjerenstvo (prema njegovu predsjedniku grofu Munsteru), osnovala je Vlada Ujedinjenog Kraljevstva sa zadaćom da „razmotri budući oblik vladavine koji najbolje odgovara Ugandi te pitanje odnosa između središnje vlade i drugih vlasti u Ugandi.“¹ Na konferenciji su osim britanske kolonijalne uprave u Ugandi sudjelovali i predstavnici Bugande, ostalih kraljevstava te ugandske političke stranke i pokreti. Povjerenstvo je predložilo “savezni položaj Bugande jer ga je ona praktički već dostigla i federalni položaj za tri kraljevstva (Bunyoro, Ankole i Toro)”. Prema Komisiji, “tri kraljevstva imala bi bitne elemente federalizma u odnosu na unutarnje potrebe, a u odnosu prema središnjoj vladi, imale bi otprilike isti položaj kao i ostali okruzi (tj. kao područja Ugande koja nisu bila u sastavu kraljevstava).”²

Glavno pitanje na konferenciji bilo je pitanje statusa povijesnih ugandskih kraljevstava (posebice Kraljevstva Bugande) i njihova priznanja nove države Ugande u čijem bi sastavu nastavili postojati. Preporuke koje su donesene na Ustavnoj konferenciji činile su Sporazum o Bugandi od 9. listopada 1961. Polazeći od činjenice da je Kraljevstvo Bugande bilo pod zaštitom Njezina Veličanstva i da je bilo jedna od provincija Protektorata Ugande te polazeći, između ostalog, od povijesnih sporazuma od 1894. do 1955. između Kabake (kralja Bugande) i Njezina Veličanstva, određeno je da će se Kabaku, kralja Bugande oslovljavati kao Njegovu Visost, da je status Bugande taj da je ujedinjena u federalni odnos s ostatkom Ugande u skladu s Ustavom Ugande te da će njezine granice biti određene u drugom odjeljku Sporazuma, da će Ustav Bugande, kao Kraljevstva unutar Ugande biti uređen u trećem odjeljku Sporazuma i dr.³

Donošenjem britanskog Zakona o neovisnosti Ugande od 1. kolovoza 1962., od 9. listopada 1962., „teritoriji koji se pri donošenju ovog Zakona smatraju Protektoratom Ugande, tj. svi oni teritoriji koji su, bilo da su označeni kao kraljevine, distrikti ili na neki drugi način, navedeni u prvom odjeljku Ustava navedenom u drugom prilogu postojećeg ustavnog poretka, i čije su granice navedene u drugom odjeljku toga Ustava, zajedno čine dio dominiona Njezina Veličanstva pod imenom Uganda; i od toga dana Vlada Njezina Veličanstva Ujedinjenog Kraljevstva neće biti odgovorna za Vladu Ugande ili bilo koji njezin dio.“⁴

Kraljica Elizabeta nominalno je ostala poglavarica države i kraljica Ugande, a njezine ovlasti prenesene su na generalnog guvernera Ugande, Sir Waltera Couttsa.

Ustav Ugande, koji je stupio na snagu na dan proglašenja neovisnosti, također, bio je predmet rasprave Ugandske ustavne konferencije. Ustavom je uveden sustav parlamentarne demokracije uz supremaciju ustava te složen sustav decentralizacije: Kraljevstvo Buganda dobilo je samoupravu, a ostala kraljevstva položaj saveznih država, s tim da su mogla zadržati svoja zakonodavna tijela, dok je ostala područja kontrolirala središnja vlada.

Već 1963. usvojen je novi ustav, koji je raskinuo veze s britanskom Monarhijom. Uganda je postala republika u okviru Commonwealtha. Unatoč tome, zemlja je nastavila funkcionirati kao „država“, a ne republika jer su i dalje postojala plemenska kraljevstva. Kabaka tj. kralj Bugande, Edward Mutesa II. postao je prvi predsjednik Ugande.