Kardinal Stepinac proglašen je krivim:

„1. što je već 12. travnja 1941… posjetio u svojstvu hrvatskog metropolite „vojskovođu“ Slavka Kvaternika i čestitao mu uspostavu tzv. NDH, 16. travnja 1941. izvršio je službenu posjetu krvniku Paveliću, i prvih dana okupacije priredio je u nadbiskupskom dvoru večeru ustaškim emigrantima i zajedno se s njima slikao….2. što su pod rukovodstvom odbora trojice kojemu je on bio na čelu, vršena prisilna predvođenja Srba na katoličku vjeru….3. što je početkom 1942. imenovan po Vatikanu i primio službu vojnog vikara Pavelićevih ustaša i domobrana i postavio za svoje zamjenike poznate ustaške svećenike Stipu Vučetića i Vilima Cecelju… nadalje, što je nadbiskupski duhovni stol kome je on predsjednikom, odobrio 10. 02. 1942. pod brojem 904, molitvenik „Hrvatski vojnik“ kojega je sastavio ustaški potpukovnik Vilim Cecelja ….4. što je 18. 12. 1941. božićnom porukom zagrebačkog nadbiskupa hrvatskim radnicima i radnicama u Njemačkoj pozivao ih na rad, jer da je to njihova vjerska i patriotska dužnost….Također, što je 1944. i 1945. pred slom Hitlerovske Njemačke i njezinih satelita usko se povezao sa Pavelićem i Mačekom, a koji su dalje bili povezani s izdajicama srpskog i slovenskog naroda, Mihajlovićem, Rupnikom i Rožmanom, i vodio s njima pregovore,….5. što je ostao nakon oslobođenja u zemlji, provodio sistematski plan podržavanja nada da će se uskoro promijeniti „režim“ u FNRJ,…. Nadalje, harangira protiv narodnih vlasti i pravednih osuda narodnih sudova nad ustašama-svećenicima i ostalim ratnim zločincima, nazivajući to progonom svećenstva, crkve i religije te istrebljenjem Hrvatskog naroda….“¹ čime je djelom pod 1., stupanjem u vrijeme rata i neprijateljske okupacije u političku suradnju s neprijateljem kriv za djelo iz čl. 3. točka 6. Zakona o krivičnim djelima protiv naroda i države; djelom pod 2., kao pomagač radio je na prisilnom prevođenju na drugu vjeru stanovništva Jugoslavije, djelima pod 3., pomagao naoružane vojničke formacije sastavljene od jugoslavenskih državljana u cilju službe neprijatelja i zajedničke borbe s njime protiv svoje domovine; djelima pod 4., stupanjem za vrijeme rata i neprijateljske okupacije u političku suradnju počinio kriv. djelo iz čl. 3. točka 6. istog Zakona te djelima pod 5. pomaganjem na organizaciji i oružanih bandi i njihova ubacivanja na teritorij, a u cilju da se ugrozi putem nasilja postojeće državno uređenje FNRJ počinio krivično djelo iz članka 3. točka 7. istog Zakona, kao i krivično djelo klevete narodne vlasti.²

Iza ovog procesa smatra se da je stajao sukob između Tita i Stepinca o položaju Katoličke crkve u Hrvatskoj, a zbog čega su se sastali 4. lipnja 1945. Tito je inzistirao da se Katolička crkva u Hrvatskoj odvoji od Rima, što je Stepinac odbio.

Alojzije Stepinac je nakon presude pet godina proveo u zatvoru u Lepoglavi, a od kraja 1951. pa do svoje smrti, 1960., bio je u kućnom pritvoru u Krašiću. Godine 1998. papa Ivan Pavao II. proglasio ga je blaženim, a 2016. Županijski sud u Zagrebu navedenu je presudu u cijelosti poništio, smatravši, između ostalog, da ona „ne samo da predstavlja presudu koja je donesena zlouporabom od strane autoritarne vlasti, već i presudu koja se temelji na arbitrarnosti suda u kaznenom postupku, što predstavlja apsolutno kršenje načela vladavine prava i pravne države.“³