U praksi Suda, bila je to prva optužba jedne države protiv druge za genocid. Prva presuda u ovom slučaju bila je 1996., kojom je sud dopustio zahtjev i odlučio o svojoj nadležnosti. Jugoslavija je u postupku istaknula protutužbu optuživši Bosnu i Hercegovinu za genocid nad Srbima, ali ju je 2001. povukla te podnijela zahtjev za preispitivanje presude iz 1996. zbog činjenica da je SRJ tek 2000. primljena kao nova članica UN-a, što predstavlja „novu činjenicu“ koja je prema svojoj naravi odlučujuća glede pitanja nadležnosti ratione personae. Presudom od 2003., ovaj zahtjev je odbačen kao nedopušten, a nakon javne rasprave, održane tijekom 2006., Sud je donio presudu 26. veljače 2007.¹ Sud je potvrdio svoju nadležnost za suđenje, sukladno članku IX. Konvencije, vodeći se načelom „res iudicata“ koji jamči „stabilnost pravnih odnosa“ te da je u interesu svake stranke „da se o pitanju o kojem je već odlučeno u korist stranke ne može ponovno raspravljati“.

Odlučujući o tome jesu li počinjeni navodni zločini i ako jesu, mogu li se okarakterizirati kao genocid, Sud je utvrdio da su tijekom sukoba na cijelom teritoriju Bosne i Hercegovine počinjena masovna ubojstva i drugi zločini, ali da ta djela nisu bila popraćena posebnom namjerom koja definira zločin genocida, tj. namjerom da se u cijelosti ili djelomično uništi zaštićena skupina. Međutim, Sud je utvrdio da su ubojstva u Srebrenici, u srpnju 1995., počinjena s posebnom namjerom da se djelomično uništi skupina bosanskih Muslimana u tom području i da je ono što se tamo dogodilo uistinu bio genocid. U postupku je dokazano da je postojala odluka o ubijanju punoljetnog muškog stanovništva muslimanske zajednice u Srebrenici, koju su donijeli određeni pripadnici Glavnog stožera Vojske Republike Srpske. Iako je puno dokaza govorilo o neposrednom ili posrednom sudjelovanju službene vojske Savezne Republike Jugoslavije, zajedno s oružanim snagama bosanskih Srba u vojnim operacijama u Bosni i Hercegovini godinama prije događaja u Srebrenici, u postupku se nije moglo dokazati da se ta djela Vojske Republike Srpske u Srebrenici, prema pravilima međunarodnog prava o odgovornosti države, mogu pripisati tuženoj Srbiji.

Ipak, Sud je utvrdio da je Republika Srbija prekršila svoju obvezu iz članka I. Konvencije o genocidu koji se odnosi na sprječavanje genocida. Sud je primijetio da ta obveza zahtijeva od država kojima su poznate, ili bi im inače trebale biti poznate ozbiljne opasnosti da će biti počinjena djela genocida, da unutar granica dopuštenih međunarodnim pravom koriste sva sredstva koja su im razumno dostupna za sprječavanje genocida.

Sud je, nadalje utvrdio da je Srbija prekršila svoju obvezu da kazni počinitelje genocida, uključujući propuštanje pune suradnje s Međunarodnim kaznenim sudom za bivšu Jugoslaviju u vezi s izručenjem generala Ratka Mladića radi suđenja. Taj je propust Sud ocijenio kao povredu dužnosti, sukladno članku VI. Konvencije. Glede bosanskohercegovačkog zahtjeva za naknadu štete, Sud je utvrdio da, budući da nije dokazano kako bi genocid u Srebrenici bio spriječen da ga je Srbija pokušala spriječiti, financijska zadovoljština za nesprječavanje genocida u Srebrenici nije odgovarajući oblik reparacije te da je najprimjereniji oblik zadovoljštine izjava u izreci presude da Srbija nije ispunila obvezu sprječavanja zločina genocida. Glede obveze kažnjavanja djela genocida, izjava u izreci da je Srbija prekršila svoje obveze prema Konvenciji te da mora izručiti osobe optužene za genocid ICTY-u i mora u potpunosti surađivati s Tribunalom prema Sudu, predstavljala je odgovarajuću zadovoljštinu.