Spor je nastao neposredno nakon osamostaljena tih država od kolonijalne vlasti, a pojavio se zbog različitog tumačenja španjolskih kraljevskih proklamacija koje je ta velesila koristila u cilju preciznog označavanja svog teritorija na američkom kontinentu.

Nakon stjecanja neovisnosti, sve dotadašnje kolonije složile su se urediti granice prema načelu uti possidetis juris,^[1] prema kojem su španjolske kolonijalne granice iz 1810. postale granice novih republika. U tom smislu, granice Velike Kolumbije koju su činile Ekvador, Kolumbija, Panama i Venezuela, pratile su granicu Potkraljevstva Nove Granade, a Peru je pratio granice Potkraljevstva Perua iz 1810. Međutim, Peru nije bio time zadovoljan i uti possidetis datum postavio je na 1824. godinu, kada je službeno stekao neovisnost, i to s teritorijima koje je okupirao 1820. Napetosti oko granice krenule su nakon odvajanja Ekvadora od Velike Kolumbije, tridesetih godina 19. stoljeća. Prvi veći sukob izbio je 1857. zbog ekvadorske nakane da u cilju saniranja duga prema britanskim vjerovnicima proda amazonsko porječje na koje su Peruanci polagali pravo. Drugi znatniji sukob bio je rat iz 1941., koji je trajao 26 dana (od 5. do 31. srpnja 1941.), a završio je potpisivanjem sporazuma iz 1942., nazvanim Rio Protokol. Jamci tog sporazuma bile su Argentina, Brazil, Čile i SAD. Njegovu je provedbu, međutim, derogirao Ekvador tijekom šezdesetih godina prošlog stoljeća zauzevši stajalište da ga je tada potpisao pod prisilom dok su na njegovu teritoriju bile strane vojne snage. Nakon tog rata dogodio se Paquishanski rat 1981. i Cenepanski rat 1995. Potonji sukob primorao je zaraćene strane da sjednu za stol i riješe spor.

Nakon godinu i pol dana intenzivnih razgovora i stajališta međunarodnih stručnjaka za granična pitanja te odobrenja državnih parlamenata, dvije su države odlučile prepustiti odluku jamcima sporazuma Rio Protokola iz 1942. Rezultat toga je Predsjednički akt iz Brazilije kojim se razlike oko granica između dviju država smatraju konačno riješenim, a kojim su u stvari potvrđena rješenja iz Rio Protokola iz 1942. Njime su istovremeno potpisani različiti sporazumi iz područja gospodarstva, granične integracije, tranzita roba, usluga i ljudi, razvitka graničnih područja, turizma i dr. Obje strane sporazumom su se odrekle uporabe sile u međusobnim odnosima kao i svih drugih čina kojima bi se u pitanje mogao dovesti mir i prijateljstvo između dvaju naroda. Formalna demarkacija granice uslijedila je u svibnju 1999. godine, što je označilo i kraj višegodišnje vojne promatračke misije za te dvije zemlje.

[1]    Riječ je o načelu međunarodnog prava na temelju kojeg se unutarnja razgraničenja između administrativnih jedinica priznaju kao državne granice u trenutku stjecanja neovisnosti.