Područje je tada stavljeno pod privremenu upravu RS-a, uz dogovor da se konačna odluka o upravljanju njime prepusti za tu svrhu osnovanom Međunarodnom arbitražnom sudu Brčko za spor oko međuentiteske granice u području Brčko. Arbitražni sud donio je 5. ožujka 1999. Odluku¹ kojom se osniva Brčko Distrikt, kojim upravljaju oba entiteta. U postavljanju predmeta spora, naznačeno je da su postojale tri mogućnosti: prva, da se Brčko dodijeli entitetu FBIH. Predstavnici Federacije tvrdili su da je općina Brčko povijesno bila naseljena Bošnjacima i Hrvatima te da je riječ o vitalnom sjevernom prolazu iz središnje Bosne k Europi, da bi bilo beskrupulozno da ostane RS-u, s obzirom da su ga tijekom rata Srbi etnički očistili i da je jedino pravedno dodijeliti ga Federaciji. Nasuprot tome, RS je smatrala da, bez obzira na povijesne aspekte, koridor u tom području duž rijeke Save predstavlja vitalnu vezu između dva njezina dijela te da bi promjena njezina prava posjedovanja dovela do kršenja načela o teritorijalnom integritetu i daytonskog cilja da RS ima kontrolu nad 49 % teritorija BIH. Treća mogućnost bila je na tragu prethodnih odluka Arbitražnog suda, a to je da Brčko područje bude stavljeno pod upravu nezavisnog tijela – Vlade pod ekskluzivnim suverenitetom Bosne i Hercegovine.

Razdoblje privremene uprave RS-a nad područjem Brčkog bilo je, naime, obilježeno njezinim sustavnim kršenjem Daytonskog sporazuma i Sud je više puta upozoravao RS da će ako ne promijeni orijentaciju biti prisiljen oslabiti njezin položaj u tom području. Stoga je za donošenje odluke suštinsko pitanje bio odgovor je li RS u dovoljnoj mjeri dokazala da je promijenila orijentaciju u smjeru povratka bivših stanovnika tog kraja i čvrste potpore međuetničkim vladinim institucijama. Arbitražni sud zaključio je da RS nije ispunila zahtjeve iz njegove odluke iz 1998., jer se pokazalo da je srpsko političko vodstvo toleriralo opstrukcije daytonskih ciljeva u pogledu povratka raseljenih osoba, razvitka demokratskih institucija i suradnje s međunarodnim nadzornim režimom. Nadalje je zaključio da se opstrukcije zasigurno neće smanjiti sve dok se anti-daytonskim strukturama dopušta zadržavanje dominantne uloge u području Brčko. Jer da su pro-daytonske snage bile sposobne provesti programe, odluka Arbitražnog suda o promjeni uprave ne bi bila potrebna.

Budući da su oba entiteta preuzela obvezu neodložnog provođenja odluke, Sud je zaključio da su entiteti svoje ovlasti delegirali novoj instituciji „multietničkoj demokratskoj vladi poznatoj kao „Brčko Distrikt Bosne i Hercegovine“, pod ekskluzivnim suverenitetom BIH. Pravne posljedice navedenog ogledaju se u trajnom prestanku ovlasti oba entiteta na ovom području i njegovom ponovnom uspostavljanju kao jedinstvene administrativne jedinice. Vlada Distrikta, sukladno Ustavu BIH, bit će u nadležnosti zajedničkih institucija Bosne i Hercegovine, a međunarodni supervizor zadužen je za cjelokupnu koordinaciju u svrhu ispunjenja obveza entiteta u odnosu na novi Distrikt. Cjelokupni teritorij Distrikta postaje zajedničko vlasništvo (condominium), ali bez ikakvih ovlasti entiteta unutar granica Distrikta. U nastavku odluke izneseni su razlozi za promjenu uprave (nepostojanje dvosmjernog povratka, obeshrabrivanje odlaska Srba da odu iz Brčkog s jedne strane i povratka Bošnjaka i Hrvata s druge strane te odsustvo potpore funkcioniranju lokalne multietničke vlasti), Odluka sadržava i osnovnu strukturu novog Distrikta, preporuke Visokom predstavniku i međunarodnoj zajednici, zaštitu interesa RS-a, FBIH-a, ali i međunarodne zajednice, zatim dio koji se bavi zakonitošću plana o Distriktu, buduće promjene u odredbama aneksa, kazne za nepridržavanje odluke i na kraju odjeljak o autentičnosti.

Sukladno kaznenim odredbama, u slučaju opstrukcije provedbe odluke od strane bilo kojeg entiteta, Arbitražni sud ima ovlast dodijeliti Brčko Distrikt drugom entitetu. Brčko Distrikt obuhvaća površinu od 493 km2 i ima oko 83 tisuće stanovnika od kojih su, prema popisu iz 2013., 42,4% Bošnjaci, 34,6% Srbi, 20,7% Hrvati i ostali 2,4%.