Ona je bila i zadnja žalbena instanca u postupcima protiv hereze i predstavljala je važan dio u borbi protiv narastajućeg protestantizma. Objavljivanjem tog dokumenta, papa Pavao III. popustio je pritiscima dijela rimske kurije koji su zabrinuto pratili širenje hereze talijanskim poluotokom. Licet ab initio objavljen je godinu dana nakon Rasprave u Regensburgu, koja se odvijala između katolika i protestanata, a predstavljala je vrhunac (neuspjelog) pokušaja obnove vjerskog jedinstva unutar Svetog Rimskog Carstva. Sve do tada kardinali su se nadali da je povratak kršćanskog jedinstva moguć putem uvjeravanja i logike, a Licet ab initio značio je poraz toga umjerenog pristupa. Rezultat je bio model kojim se traži čvrsta akcija protiv bilo kojeg oblika hereze. Papa je osnovao komisiju od šest kardinala koja je nosila naziv: Komesari i opći inkvizitori (lat. Commissarios, et Inquisitores Generales). Licet ab initio imao je trinaest točaka. Uz osnivanje komisije reorganizirani su područni inkvizicijski sudovi i koordinirane su njihove aktivnosti, a uređena je i njihova stvarna i teritorijalna nadležnost. Kardinali su mogli postupati protiv svih vrsta heretika ili osumnjičenih za herezu, protiv njihovih sljedbenika, odvjetnika ili branitelja te su imali ovlast objaviti konačnu odluku, uključujući i slučajeve za koje je tražena kapitalna kazna. Komisija je bila ovlaštena pozvati i sekularno naoružanje u slučaju potrebe, a kardinali su mogli kao suci tražiti pomoć poreznih prokurista, javnih bilježnika i sl. i otpustiti bilo kojeg svećenika. Komisija je, nadalje, imala pravo imenovati inkvizitora kad god je to smatrala potrebnim. Jednostavno rečeno, sva djela protiv vjere u katoličkom svijetu bila su u nadležnosti ove Komisije.¹

Prvi sljedeći akt kojim je učvršćena rimska inkvizicija bio je ustav Licet a diversis iz 1551., koji je objavio papa Julije III. Njime su odbijeni zahtjevi građanskih vlasti nekih država, poput Venecije, da se imaju pravo umiješati u postupak optužbi protiv hereze. Od početka imenovani komesar, kardinal Carafa, postavši nakon Julija III. papa Pavao IV., silno se posvetio daljnjem razvitku ove institucije. Osobno je izdao više akata kojima je propisao fiskalna izuzeća vezana uz rad Komisije, dodijelio je nove obveze ostalim članovima te je naveliko proširio njezinu nadležnost, izvan granica dogme. Tako je Komisija postala nadležna istraživati djela podvođenja, silovanja, prostitucije i sodomije, zatim optužbe za „heretičku simoniju“ (kupnju i prodaju crkvenih službi). Na dan njegove smrti svjetina se pobunila protiv strogih inkvizitorskih metoda te je provalila u sjedište suda i uništila proceduralne akte. Papin nasljednik, Pio IV., šokiran tim činom, odmah je smanjio ovlasti inkvizicije i vratio ih je na razumnu mjeru. Nakon Kongregacije 1560., počelo je smanjivanje ovlasti kardinalskih inkvizitora te se polako uspostavljala nadležnost za slučajeve koji su se odnosili na zaštitu integriteta vjere.² Rimska inkvizicija osudila je Galileja, Giordana Brunu, Tomasa Campanellu i dr.