Područjem je upravljalo tijelo - Audijencija Charcas, koje su činili suci, zvani oidores i guverner kao predsjednik Audijencije. Vlast Audijencije imala je veliku autonomiju u vladanju, ali je s vremenom ograničena podjelom toga područja na četiri administrativne jedinice, dok je stanovništvo u Boliviji kategorizirano na Kreolce, Mestizose i domoroce. Kreolci su bili potomci doseljenih Španjolaca, ali rođeni u Boliviji. Mestizosi su bili stanovnici miješanog, španjolskog i domorodačkog podrijetla, a najniže na društvenoj ljestvici bilo je autohtono stanovništvo, koje je govorilo ajmarskim i kečuanskim jezikom. Jedinicama, međutim, nisu vladali Bolivijci, nego Peninsulares (poluotočani) koji su dolazili iz Španjolske. Takav pristup smetao je Kreolcima, što je naknadno bio jedan od razloga za pokretanje rata za neovisnost. Međutim, ideje o neovisnosti postojale su i prije podjele zemlje na departmane i nezadovoljstva Kreolaca, a dolazile su najviše s najstarijeg južnoameričkog sveučilišta, Sveučilišta u Chuquisacu. Napoleonovi ratovi s početka devetnaestog stoljeća, među kojima je bio i Španjolski rat za neovisnost, bitno su utjecali i na prilike u Južnoj Americi. Vihor pokreta za neovisnost zahvatio je i Boliviju te je rat za neovisnost započeo 1809. osnivanjem vladinih hunti (patriotske vlade formirane kao alternativa španjolskoj kolonijalnoj upravi) u gradovima Sucreu i La Pazu. Nakon više različitih revolucija i šesnaestogodišnjeg (između ostalog i gerilskog) ratovanja, između rojalista i domaćih elita (lojalista i konzervativaca), Simon Bolivar i Antonio Jose de Sucre izvojevali su pobjedu. S obzirom na prilike, sudbina Charcasa, tj. Bolivije kretala se između ujedinjenja s Argentinom ili Peruom ili prema samostalnosti. Kongres, koji je okupio de Sucre, opredijelio se za neovisnost. Iako za nju nisu svi glasovali, Akt o neovisnosti potpisali su svi vijećnici 6. kolovoza 1825., u slavu na prvu godišnjicu Bolivarove pobjede u bitci u Juninu. Preambula Akta glasi:

„Svijet zna da je Gornji Peru na Američkom kontinentu oltar na kojem je prolivena prva krv za slobodu i zemlju u kojoj leže posljednji tirani. Danas, gornjoperuanski departmani, ujedinjeni suprotstavljaju licu cijele Zemlje svoju neopozivu odluku da će sami sobom vladati.“

Posebnom odlukom odlučeno je da će se nova država zvati Republika Bolivar, u čast svog osloboditelja Simona Bolivara, koji je označen kao „Otac Republike i Vrhovni zapovjednik Države“. Bolivar je zahvalio na časti, ali je odbio biti predsjednikom te je dužnost predao maršalu de Sucreu.

Bolivar, međutim, nije bio previše sretan s odlukom o neovisnosti zemlje jer se bojao za njezinu budućnost imajući na umu da se nalazi u središtu Južne Amerike. Smatrao je, naime, da će se na taj način formirati nacija koja će se suočavati s nizom ratova, što se, u stvari, i dogodilo. Bolivar je bio za to da Bolivija, jer je bila dijelom Peruanskog potkraljevstva za vrijeme kolonijalne vlasti, ostane dijelom Perua ili se priključi Argentini. Međutim, želja naroda za neovisnošću u to ga je razuvjerila. Dan 6. kolovoza u Boliviji se slavi kao Dan neovisnosti.