Plaćanja licencne naknade iznimno je složeno pitanje. Određivanje načina plaćanja ovisi, ponajprije, o vrijednosti tehnologije koja se prenosi ugovorom o licenciji. No, zbog velikog broja čimbenika, vrijednost tehnologije iznimno je teško odrediti. U praksi postoji mnoštvo načina plaćanja licencne naknade kao što su paušalna naknada, tantijeme, kombinacija paušalne naknade i tantijema te niz drugih mogućnosti plaćanja, a koji će se način plaćanja ugovoriti u određenom slučaju prepušteno je dogovoru stranaka. Ugovaranjem licencne naknade uvijek se nastoje ravnopravno zastupati kako interesi davatelja licencije tako i interesi stjecatelja licencije. Međutim, u suvremenom društvu brzog tehnološkog razvoja, vrijednost tehnologije neprestano se mijenja te nije jednostavno postići određenu ravnotežu interesa.