Na početku svog mandata Fujimori je proveo niz vojnih reformi te se žestoko obračunavao s ekstremno ljevičarskom skupinom zvanom Svijetli put. Postao je poznat po svojoj neoliberalnoj političkoj i gospodarskoj ideologiji te iako je 1992. raspustio peruanski parlament i Vrhovni sud, čime je dobio sve odlike diktatora, dobar dio javnosti i privatni sektor podržavali su ga. Na početku trećeg mandata, 2000., Fujimori se suočio s teškim optužbama za korupciju i zločinima protiv čovječnosti. Budući da je opozicija tijekom njegove odsutnosti iz zemlje preuzela kontrolu nad parlamentom, Fujimori je iz hotelske sobe u Japanu, 20. studenoga 2000., faksom poslao parlamentu svoju ostavku. Kongres tu ostavku nije prihvatio, nego je 22. studenoga 2000. izglasao njegov opoziv, s obrazloženjem da je „trajno moralno nesposoban“ obnašati dužnost predsjednika. Za vrijeme njegova boravka u Japanu, Peru je protiv Fujimorija podigao više optužnica te je zatražio njegovo izručenje, što je japanska vlada odbila zbog zabrane njegova izručenja kao japanskog državljanina. Međutim, Fujimori je 2005. godine posjetio Čile. Tamo ga je čileanska policija na zahtjev Perua uhitila i nakon dvogodišnjeg postupka izručenja, koji je bio uvjetovan sporazumom tih dviju zemalja još iz 1932. te čileanskim propisima koji su zahtijevali da zahtjev za izručenje mora imati dovoljno dokaza koji opravdavaju optužbu, izručila 2007. Između 2007. i 2009. godine Fujimori je osuđen zbog različitih kaznenih djela: na šest godina zatvora zbog naredbi za nezakonite pretrage, na 25 godina zatvora zbog povrede ljudskih prava i njegove uloge u ubojstvima i otmicama Odreda za smrt Grupe Calino, zatim na sedam i pol godina zatvora zbog pronevjere nakon što je priznao da je dao 15 milijuna dolara iz peruanske riznice svom šefu obavještajne službe te na šest godina zatvora zbog kaznenog djela podmićivanja. Fujimori je prema peruanskom zakonodavstvu morao na izdržavanje maksimalne kazne od 25 godina.¹

Deset godina od uhićenja i izdržavanja dvadesetpetogodišnje kazne, Fujimorija je na njegovu zamolbu za pomilovanje (od 11. prosinca 2017.), na Badnjak, tj. 24. prosinca 2017., tadašnji predsjednik Perua, Pablo Kuczynski pomilovao (tzv. Božićno pomilovanje). Pomilovanje je za sobom povuklo nerede širom Perua, a prosvjednici su optužili predsjednika za korupciju tvrdeći da je ono bilo nagrada Fujimorijevu sinu zbog njegove pomoći Kuczynskiju u postupku opoziva koji se odvijao nekoliko dana prije. Vrhovni sud Perua je nakon godinu dana ukinuo pomilovanje i naložio Fujimorijevo vraćanje u zatvor. Tri godine kasnije, 2022., Ustavni sud Perua je u tijesno izglasanoj odluci (4 za i 3 protiv) ponovno odobrio pomilovanje. Međutim, Međuamerički sud za ljudska prava iste godine donio je odluku kojom je tražio od Perua da odustane od puštanja Alberta Fujimorija, u skladu sa svojim ugovornim obvezama.

Međuamerički sud smatrao je da „presuda koju je Ustavni sud donio 17. ožujka 2022., kojom su vraćeni učinci pomilovanja u korist Alberta Fujimorija, nije u skladu s uvjetima koje je ovaj Sud utvrdio u Rezoluciji o nadzoru od 30. svibnja 2018. Budući da je ta presuda u suprotnosti s onim što je ovaj Sud utvrdio pri tumačenju i primjeni Američke konvencije, država (Peru) mora se suzdržati od njezine provedbe, u skladu sa svojim konvencijskim obvezama.“ Glede dopustivosti pomilovanja, Sud je dalje smatrao da u slučajevima ozbiljnih kršenja ljudskih prava, pravna mjera (za zaštitu zdravlja, života i integriteta osuđene osobe) mora biti ona koja najmanje ograničava pravo žrtve na pristup pravdi [...] i mora se primijeniti u vrlo ekstremnim slučajevima i u slučaju neizbježne nužde. To ne znači da je pravni oblik ili mjera koju država mora usvojiti nužno ona koja oslobađa osuđenu osobu, a još manje da podrazumijeva prestanak kazne, bez obzira na usvajanje drugih alternativnih mjera za zaštitu zdravlja g. Fujimorija.² Dana 4. prosinca 2023. Ustavni sud ponovio je svoju odluku o odobrenju pomilovanja, temeljem koje je Fujimori pušten iz zatvora. Alberto Fujimori umro je 2024., devet mjeseci nakon puštanja iz zatvora.

1 Izvor: https://en.wikipedia.org/wiki/Arrest_and_trial_of_Alberto_Fujimori, pristupljeno 12. 11. 2025.
2 Preuzeto: https://cejil.org/comunicado-de-prensa/corte-idh-ordena-al-estado-peruano-abstenerse-liberar-a-fujimori-en-cumplimiento-de-sus-obligaciones-convencionales-lima/, pristupljeno 12. 11. 2025.