Iako je dijelom uspio u naumu, Šveđani, predvođeni udovicom velikog protivnika Unije, Stena Sturea nisu se predavali. Kristijan II. našao se pred neosvojivim Stockholmom. Tek nakon što je svima obećao pomilovanje i vraćanje feuda, predani su mu ključevi grada, u koji je došao nekoliko mjeseci kasnije na krunidbu. Kralja Kristijana II. okrunio je Gustav Trolle, švedski nadbiskup kojem je Sten Sture svojevremeno oduzeo ovlasti.

Nakon krunidbe kralj Kristijan pozvao je visoke uzvanike, plemiće, gradonačelnika i gradsko vijeće na trodnevno krunidbeno slavlje, da bi ih u podne, 7. studenoga (njih pedesetak) pozvao u veliku dvoranu dvorca, zaključao vrata i zabranio izlazak. Nakon što se smjestio na prijestolje u dvorani, kralju se obratio Trolle sa zahtjevom za naknadu štete u iznosu preko milijun maraka u srebru, koju je crkva pretrpjela zbog Stureova demoliranja crkvenih posjeda, zbog krađe, njegova zatvaranja i zatvaranja drugih biskupa i dr. Kao krivce označio je Sturea, njegovu udovicu i velik broj drugih, prisutnih velikaša i gradskih vijećnika zaključivši da su svi navedeni na listi odgovorni za očitu herezu, što je prema kanonskom pravu značilo da su je optuženi manifestirali na takav način da daljnji dokazi nisu bili potrebni. Nakon što je nadbiskup postavio zahtjev, optuženi su se mogli izjasniti o optužbama. Istraga je trajala cijeli dan, a navečer je još nekoliko sudionika uhićeno. Sljedećeg dana skupina od 14 svećenika morala je odlučiti jesu li optuženi doista i odgovorni za djela koja im se stavljaju na teret. Utvrdivši da su počinjena djela očita hereza, svećenici nisu odredili kaznu, nego su počinitelje prepustili sekularnoj vlasti, tj. kralju Kristijanu II., koji je kaznu trebao izvršiti na do tada uobičajen način – spaljivanjem. Budući da prema kanonskom pravu kralj Kristijan nije imao utjecaja na crkvenu odluku, sljedećeg dana, tj. 8. studenoga 1520., u podne, započelo je izvršavanje kazne odrubljivanjem glava i vješanjem da bo 10. studenoga leševe spalili. Štoviše, iskopani su i ostatci Stena Sturea te su i oni spaljeni na lomači. Dok su se smaknuća odvijala, kralj je napisao pismo papi Leu X., u kojem je naveo da su sljedbenici Stena Sturea kanili podmetnuti vatru u dvorcu, što je razjarilo kraljevu gardu tako da su se među mrtvima našla i dva biskupa.

Odgovornost za smaknuća kralj je prebacio na druge. U proglasu koji je objavio dan nakon krvoprolića, kralj je prozvao Trollea i sud od 14 svećenika, dok je on „samo izvršavao kaznu“, što je bio jedini način da spasi ostale „drage podanike“ od izopćenja. Nakon što se vratio u Dansku, Trolleu je prepustio upravljanje Švedskom. Međutim, zbog nepopularnosti, Trolle je bio prisiljen izbjeći u Dansku. Zbog krvoprolića, koje se u švedskoj povijesti naziva i Švedska krvava kupka, kralj Kristijan dobio je nadimak Tiranin, a krvoproliće je navelo Šveđane da pokrenu otpor u cilju izlaska iz Unije. Među vođama otpora bio je i Gustav Vasa, čiji je otac bio jedan od stradalnika. Već sljedeće godine on je postao poglavar države, a 1523. okrunjen je za kralja Švedske, čime je označen i kraj švedske unije s Danskom.

Do današnjeg dana povjesničari nisu jedinstveni u stajalištu kako je došlo do krvoprolića. Dok jedni smatraju da je ono bilo isplanirano, drugi to opovrgavaju i obrazlažu da je kralj iskoristio priliku riješiti se protivnika. S druge strane, prema jednima za krvoproliće je odgovoran samo kralj, a prema drugima ta odgovornost leži na nadbiskupu Trolleu, a treći pak smatraju da je kralj zloupotrijebio Trolleov zahtjev za naknadu štete kako bi se riješio protivnika.