Njime je formalno dokinuta imperijalna moć Japana, ali i obnovljen suverenitet Japana nad svojim teritorijem. 
U prembuli Ugovora ističe se da zemlje potpisnice Ugovor zaključuju kao jednako suverene, da Japan namjerava zatražiti članstvo u Ujedinjenim narodima, da prihvaća načela Povelje Ujedinjenih naroda, da teži ostvarenju ciljeva iz Univerzalne deklaracije o ljudskim pravima te da u odnosu na trgovinu i gospodarstvo Japan prihvaća međunarodno priznate običaje.

Ugovor ima sedam glava. U Prvoj glavi okončano je stanje rata i Japanu se vraća suverenitet nad teritorijem. U Drugoj su glavi uređena pitanja teritorija. Japan se odriče svih prava na teritorije koje mu je Potsdamska konferencija oduzela: Koreje, Formoze, Pescadora, Kuriljskih otoka, Južnog Sakalina, i dr., a pristaje da se pod okrilje Ujedinjenih naroda uz administriranje SAD-a stave Nansei Shoto, Okinawa, Boninska otočja, Vulkanska otočja i dr. Treća glava, koja se bavi sigurnošću, predviđa da se Japan slaže živjeti mirno kao i da će u skladu s načelima Povelje Ujedinjenih naroda rješavati sporove s drugim državama mirnim putem. Okupacijske snage obvezuju se napustiti japanski teritorij u roku 90 dana od dana stupanja na snagu Ugovora. Četvrtom se glavom uređuju politički i gospodarski odnosi tako da se pojedini predratni sporazumi osnažuju i da japansko gospodarstvo ne treba ograničavati. Glede ratnih šteta, u Petoj glavi Japan se obvezuje nadoknaditi štetu koju je prouzročio tijekom rata, a japanska imovina u neutralnim zemljama dodjeljuje se Međunarodnom Crvenom križu u korist obitelji bivših ratnih zatvorenika. Japan priznaje Koreju kao neovisnu državu te ona ima pravo na svu japansku imovinu u Koreji. Japan se odriče svih posebnih prava i interesa u Kini, kao i svih privilegija iz Pekinškog protokola iz 1901. Glava Šest i Sedam odnose se na sporove i ratifikaciju. 

Istog dana potpisan je Sporazum o sigurnosti između SAD-a i Japana, koji se sastojao od pet članaka, a koji je nalagao Japanu da SAD-u ustupi teritorij za uspostavljanje vojne prisutnosti na Dalekom istoku te je zabranjivao Japanu da s drugim državama dogovara vojne baze ili prava bez suglasnosti SAD-a.

Među zemljama koje su bile pozvane na potpisivanje bile su Indija, Burma  i Jugoslavija, koje se nisu odazvale. U San Francisco nisu bile pozvana Kina, zbog neslaganja tko predstavlja Kinu – Republika Kina (u Tajvanu) ili Narodna Republika Kina (u Kini), Sjeverna i Južna Koreja, ali ni Italija ni Portugal. Od 51 prisutne zemlje, njih 48 potpisalo je Ugovor. Potpisivanje su odbili Čehoslovačka, Poljska i Sovjetski Savez, koji je neuspješno pokušavao obustaviti postupak donošenja Ugovora, iznoseći niz prigovora na račun američke pozicije u Japanu.