Zakonom o porezu na dohodak (Nar. nov., br. 177/04, 73/08, 80/10, 114/11, 22/12, 144/12, 120/13-Odluka USRH,125/13, 148/13, 83/14-Odluka USRH, 143/14 i 136/15) propisane su odredbe koje se odnose na oporezivanje stipendija u sustavu poreza na dohodak. Iznos neoporezivog dijela stipendija kao i načini i uvjeti pod kojima se stipendije zbog ostvarivanja prava na neoporezivi dio mogu isplatiti, uređeni su odredbama Pravilnika o porezu na dohodak (Nar. nov., br. 95/05, 96/06, 68/07, 146/08, 2/09, 9/09 - ispr., 146/09, 123/10, 137/11, 61/12, 79/13, 160/13, 157/14 i 137/15). Pravilnikom o izmjenama i dopunama Pravilnika o porezu na dohodak (Nar. nov., br. 123/10), koji je stupio na snagu 4. studenoga 2010., propisan je način vođenja i sadržaj evidencija za stipendije koje studentima pod propisanim uvjetima isplaćuju odnosno dodjeljuju zaklade, fundacije, ustanove i druge institucije registrirane u Republici Hrvatskoj za odgojno-obrazovne ili znanstveno-istraživačke svrhe, koje djeluju u skladu s posebnim propisima, osnovane s namjenom stipendiranja.