Pretporez koji se može odbiti, obračunava se, u pravilu, na temelju podataka o prometu poreznog obveznika u cijelosti, no, porezni obveznici mogu odlučiti da dio pretporeza koji imaju pravo odbiti, obračunavaju za svaki dio svojeg poslovanja, pod uvjetom da za dijelove poslovanja vode odvojeno knjigovodstvo i da o tome prije primjene takovog obračuna obavijeste Poreznu upravu. Pritom treba uzeti u obzir da Porezna uprava može zabraniti takav način podjele pretporeza ako smatra da nema mogućnost nadzora nad obračunavanjem i plaćanjem poreza na dodanu vrijednost. Porezni obveznik izborom načina podjele pretporeza koji nije mogao povezati s isporukama, može utjecati na svoje porezno opterećenje porezom na dodanu vrijednost. Razumije se, da će se pritom odlučiti za primjenu podjele po dijelovima poslovanja ako je to za njega povoljnije. Osim toga, pri odlučivanju smatramo da ne treba zanemariti i druge čimbenike, primjerice: podjela pretporeza po dijelovima poslovanja poduzetnika je složenija i izaziva dodatne troškove poreznog obveznika; i, poreznim propisima nije pobliže određeno što se smatra odvojenim knjigovodstvom, pa su moguće različite prosudbe vodi li porezni obveznik odvojeno knjigovodstvo za dijelove poslovanja, što može dovoditi do nesigurnosti u korištenju prava na podjelu pretporeza po dijelovima poslovanja. O svemu tome više pišemo u nastavku.