Budući da je ova zemlja do tada bila dio Osmanskog Carstva¹, duhovni poglavar muslimana bio je kalif, a vjerske poslove u njegovo ime obavljali su muftije, šerijatski suci, muderisi i imami. Ti stoljećima ustaljeni oblici obavljanja vjerskih poslova raspali su se nakon dolaska Austrougara, islam prestaje biti državna religija, a vjersko osoblje gubi značaj i ulogu koju je do tada imalo.

Kako bi ispoštovala odredbe Berlinskog kongresa, Austrougarska potpisuje s Osmanskim Carstvom tzv. Novopazarsku ili Carigradsku konvenciju 1879., kojom se u Bosni i Heregovini osigurava sloboda vjeroispovijesti svim stanovnicima, a muslimanima se jamči osobna i imovinska sloboda i sigurnost, pravo da održavaju veze s kalifom u Carigradu, u javnim molitvama spominju ime sultana, a tamo gdje je to običaj, da na džamijama ističu osmansku zastavu.

Među prvim zadacima koje je austrougarska vlast preuzela po pitanju položaja muslimana bilo je sređivanje vakufskih (zaklada) prilika, odnosno popisivanje vakufske imovine (imovine koja se izdvajala iz imovine vakufa (davatelja) i predavala Allahu, a prihodi su služili vjeri i ljudima). Austrougarska nije željela miješanje osmanskih vlasti u unutarnja pitanja Bosne i Hercegovine i poticala je uspostavljanje vlastite islamske organizacije koja će na sebe preuzeti organizaciju vjerskog života muslimana u ovoj zemlji. Nakon što je najviši autoritet u islamskom svećenstvu, šejh-ul-islam imenovao sarajevskog muftiju za bosanskog muftiju, ovlastivši ga istovremeno da može imenovati niže vjerske službenike i šerijatske suce, Austro-Ugarska ga je potvrdila carskim dekretom i proglasila prvim reis-ul-ulemom, najvišim autoritetom za vjerska pitanja muslimana u BiH.

Međutim, daljnje miješanje Austrougara u vjerske poslove muslimana dovelo je do osnivanja Pokreta za vjersku i prosvjetnu autonomiju muslimana koji se borio za njihova kulturna, politička i vjerska prava u novoj zajednici. Cilj Pokreta bila je autonomija u organiziranju vjerskih poslova, upravljanju vakufskim dobrima te samostalnost u islamskom obrazovanju. Nakon deset godina borbe on se ostvario donošenjem Štatuta za autonomnu upravu islamskih vjerskih i vakufsko-mearifskih poslova u Bosni i Hercegovini, koji je car Franjo donio 15. travnja 1909. „Sa željom, da bi ovaj štatut bosansko-hercegovačkim Muslimanima uvijek služio na dobro i sreću i u njima učvršćivao privrženost prema domovinskoj grudi i vjernost prema Nama i Našemu domu, uvjeravamo Mi islamski narod u Bosni i Hercegovini o Našoj daljoj očinskoj blagonaklonosti, staranju i zaštiti.”² Uz priznanje autonomije u 184. članka, koliko ih Štatut ima, ovim aktom podrobno se reguliraju islamska pitanja i vakufsko-mearifski poslovi u Bosni i Hercegovini.

Prvi članak Štatuta započinje odredbom da “sva pokretna i nepokretna vakufsko-mearifska dobra islamskog naroda u Bosni i Hercegovini vlasništvo su dotičnih vakufa (zaklada), a služe isključivo za vjerske i prosvjetne svrhe ovozemnih muslimana. Ovim imetkom upravljaju po muslimanima izabrana tijela i organi na temelju šerijata prema ustanovama ovoga štatuta.” Članak 2. propisuje da “ustanove vakufnama moraju se po propisima šerijata obdržavati. Kad nema vakufnama, postupat će se po postojećem običaju (teamuli-kadim).” U članku 3. uređuje se pitanje vakufsko-mearifskog imetka. On se sastoji od “pojedinih vakufa”, od “centralne vakufsko-mearifske zaklade”, “čemu se još računa prirez, zemaljska potpora, dobrovoljni prinosi darovi i vasijjeti (legati)”. Članak 4. propisuje “organe vakufsko-mearifske uprave, kao i izborna tijela koja bira islamsko stanovništvo”, dok “najviši organ vjerske uprave jest ulema-medžlis, kojeg bira po okružnim izbornim odborima postavljena izborna kurija.”

Autonomija ovako uspostavljene islamske zajednice u Bosni i Hercegovini ukinuta je 1930., kada je tadašnji reis-ul-ulema odbio podrediti se diktaturi kralja Aleksandra i njegovoj namjeri da ovlada zajednicom.