Već 1966. događaju se dva vojna udara. Prvi je bio u siječnju, u kojem je vlada predana pod kontrolu vojske. Drugi vojni udar, bolje rečeno kontraudar, dogodio se u ljeto 1966., kao reakcija na ubojstva političara i časnika u vojnom udaru iz siječnja 1966. i nezadovoljstva vladavinom vojske nakon prvog udara. Uslijedio je građanski rat koji je trajao sve do 1970., poznat i kao Biafranski rat jer se vodio između nigerijskih snaga i secesionističke države Republike Biafre, koja je proglasila svoju neovisnost 1967. Uz iznimnu potporu Velike Britanije, nigerijske federalne snage porazile su Biafrance i predaja je izvršena 1970. U ratu je od gladi umrlo oko milijun ljudi, a koliko je to zaraćenim stranama bilo bitno govori stajalište jednog od nigerijskih pregovarača na mirovnoj konferenciji, koji je naveo da je „izgladnjivanje legitimno oružje u ratu i namjeravamo ga svakako iskoristiti protiv pobunjenika“.¹

Postavši federalna republika 1963., Nigerija je uvela institut predsjednika Republike, s tim da je Ustavom iz 1979. ta funkcija obuhvatila položaj državnog poglavara i predsjednika vlade te vrhovnog zapovjednika nigerijskih oružanih snaga. Osim toga što obnaša izvršnu vlast, nigerijski predsjednik ima vodeću ulogu u zakonodavstvu i kreiranju domaće politike, jer ne samo što potpisuje zakone, nego ima i pravo veta na njih. Predsjednika se bira neposredno na mandat od četiri godine, zajedno s potpredsjednikom. Donošenjem Ustava iz 1979. nastupa razdoblje tzv. Druge republike i nakon više od 13 godina vojne vladavine u Nigeriji je demokratski izabran prvi predsjednik države. Međutim, već 1983. ukida se Druga republika i na postolje državnog poglavara stupa Vrhovno vojno vijeće, koje je 1985. raspustio general-bojnik Ibrahim Babangida i postavio Vladajuće vijeće vojnih snaga, na čelu s njim kao predsjednikom i predsjedavajućim u Vijeću.

Tijekom svoje vladavine Babangida je pokrenuo tranziciju s vojne na civilnu vladavinu označivši 1990. kao dan prijenosa vlasti. Nakon niza aktivnosti i pozitivnih pomaka u tom smjeru, 12. lipnja 1993. održani su predsjednički izbori, prvi nakon vojnog udara iz 1983. Izbori se provode u dva ili tri kruga. Da bi bio izabran u prvom krugu, kandidat mora dobiti većinu glasova i više od 25 % glasova u najmanje 24 od 36 država i u glavom gradu. Ako nijedan kandidat ne prijeđe ovaj prag, održat će se drugi krug između kandidata s najvećim brojem glasova i sljedećeg kandidata koji je dobio većinu glasova u najvećem broju država. U drugom krugu kandidat i dalje mora dobiti najviše glasova i više od 25 % glasova u najmanje 24 od 36 država i u glavnom gradu. Ako nijedan kandidat ne uspije, održat će se treći krug, u kojem je za izbor predsjednika potrebna samo većina glasova.

Neslužbeni rezultati izbora govorili su u prilog pobjedi Olawale Abiole iz Socijaldemokratske partije nasuprot predstavniku Nacionalne republikanske konvencije, Bashiru Tofi. Pobjednik izbora nikad nije proglašen, jer je Babangida 23. lipnja 1993. poništio predsjedničke izbore zbog izbornih nepravilnosti. Poništenje rezultata dovelo je do prosvjeda i političkih nemira, zbog kojih je Babangida dao ostavku, nakon čega je ponovno uspostavljena vladavine vojske. Nakon propalih izbora 1993., sljedeći predsjednički izbori održani su 1999., a zatim 2003. itd. Od 2003. do 2019. 503 izbora (ne samo predsjedničkih) su poništena i ponovljena. Babangida je naknadno priznao da je pogriješio što je poništio izbore.