Ta utrka dovela je do njihova međusobnog rata, koji je započeo 1598. i trajao sve do 1663. Nakon što je Portugal ušao u personalnu uniju sa Španjolskom, veći dio tog razdoblja bio je pod vlašću Habsburgovaca, koji su se borili protiv pobunjenih nizozemskih provincija. Jedna od mjera protiv pobune bio je i embargo na trgovinu, zbog čega su Nizozemci bili prisiljeni stvoriti vlastitu trgovačku mrežu. U središtu interesa trgovine bili su začini, a o kakvom se bogatstvu radilo, govori činjenica da je 1592. engleska flota zaplijenila portugalsku galiju kod Azorskih otoka s 900 tona robe iz Indije i Kine čija je vrijednost od pola milijuna funti činila tada polovicu engleske riznice.

Potaknuti tom činjenicom, Englezi i Nizozemci osnivaju kompanije s područjem djelovanja u Istočnoj Indiji, koje su, pak, pokrenule niz aktivnosti s ciljem potiskivanja Portugalaca iz tih unosnih poslova. Jedna od nizozemskih akcija bila je zapljena portugalskog broda 1603. godine od strane jedne od tih kompanija, koja je udvostručila njen kapital. S obzirom na to da je zakonitost zapljene bila upitna, proveden je pravni postupak koji je privukao međunarodnu pozornost. Tom je prilikom Hugo Grotius, poznati nizozemski srednjovjekovni pravnik izdao knjigu „Slobodno more“ (Mare Liberum)¹, u kojoj je iznio koncept slobodne plovidbe tvrdeći da je more međunarodni teritorij koji mogu svi koristiti za plovidbu. Nakon toga uslijedilo je niz drugih akcija koje su Portugalce spuštale na koljena, a vrhunac je bio istjerivanje Portugalaca s Cejlona, 1658. Ohrabreni uspjesima u Aziji, Nizozemci su pokušali iskoristiti portugalsku slabost i u Americi te Africi. Trenutak preokreta u kontinuiranim nizozemskim uspjesima zbio se, međutim, 1625., kada su Portugalci, bitno ojačani španjolskim snagama, počeli vraćati okupirane posjede. Nizozemci su od 1630. do 1654. uspjeli osvojiti i imati pod vlašću skoro pola teritorija Brazila naseljenog Europljanima. Glavni grad „Nove Nizozemske“ ili „Nizozemskog Brazila“ bio je Recife. Nakon nekoliko promjenjivih situacija na ratištu Portugalci su tijekom 1648. i 1649. postupno vraćali osvojene teritorije, a 1654. povratili su teritorij Brazila. Nizozemci se nisu bili spremni odreći Brazila te su nekoliko mjeseci nakon kapitulacije tražili povratak kolonije ili 8 milijuna guldena na ime odštete, na što Portugalci nisu pristali.

Nekoliko godina kasnije Nizozemci su nastavili rat, a istovremeno su dovršili osvajanje Cejlona i drugih područja u Indiji. Navedeno je prisililo Portugalce da stupe u pregovore te je 6. kolovoza 1661. potpisan Haški sporazum o miru odnosno Haški mir kojim je Portugal pristao obeštetiti Nizozemce za dio teritorija u Brazilu, tj. Novu Nizozemsku, plativši im traženih 8 milijuna guldena odnosno 4 milijuna portugalskih reala ili 63 tone zlata tijekom 16 godina. Istim sporazumom dogovoreno je da jedna drugoj neće objavljivati rat niti potraživati jedna od druge vlasništvo nad teritorijima ili njihovim kolonijama. Portugal je, pak, pristao odustati od Cejlona, tj. današnje Šri Lanke i Malučkih otoka odnosno današnje Indonezije. Zauzvrat, Nizozemska je priznala portugalski suverenitet nad Brazilom i Angolom. Unatoč tome, sljedeće dvije godine Nizozemci su uspjeli osvojiti nekoliko portugalskih naselja u Aziji prije konačnog dovršetka neprijateljstava, 1663. godine.